Métodos de bancada 101
Nota: esta seção explica métodos laboratoriais conceitualmente. Não é manual de protocolo, biossegurança, validação clínica ou substituto para SOPs locais e supervisão.
TL;DR
Métodos de bancada são a interface física e bioquímica entre uma pergunta biológica e um dataset. As páginas de ômicas explicam camadas de dados; esta seção explica como esses dados são produzidos. O ponto central é escolher o método que combina com a pergunta: sequência de DNA, abundância de RNA, quantidade de proteína, fenótipo celular, localização em tecido, comportamento de modelo ou efeito de perturbação.
Árvore de decisão
| Se você quer saber... | Comece por... | Saída típica |
|---|---|---|
| A amostra é utilizável? | Preparo de amostras e QC | pureza, integridade, viabilidade, metadados de batch |
| Esta sequência de DNA/RNA está presente? | PCR, qPCR, dPCR | amplicon, Ct/Cq, cópias/uL |
| Qual é a sequência exata? | Sanger, NGS, long reads | FASTQ, BAM/CRAM, VCF |
| Esta proteína está presente ou alterada? | Western, ELISA, espectrometria de massa | bandas, concentrações, IDs de peptídeos |
| Quais células existem na amostra? | Citometria de fluxo, FACS, CyTOF | populações, células sortidas, matriz de marcadores |
| Onde está um marcador dentro do tecido? | IHC, IF, FISH, RNAscope, espacial | lâminas coradas, imagens, matrizes espaciais |
| O que acontece quando a biologia é perturbada? | Organoides, PDX, GEMM, CRISPR screens | fenótipos, viabilidade, contagens de sgRNA, resposta de modelo |
A pilha método-dado
| Etapa | Pergunta |
|---|---|
| 1. Pergunta biológica | O que precisamos saber? |
| 2. Amostra e preservação | Qual material ainda responde isso? |
| 3. Escolha do ensaio | Qual método combina com o sinal? |
| 4. QC de bancada | O experimento funcionou tecnicamente? |
| 5. Dado bruto | Qual arquivo ou medida foi produzido? |
| 6. Processamento computacional | Como ruído, viés e escala são tratados? |
| 7. Interpretação | Qual conclusão é justificada? |
A falha mais comum não é um algoritmo ruim. É desalinhamento entre pergunta biológica, qualidade da amostra, limites do ensaio e interpretação.
Ponte com computação
| Objeto de bancada | Objeto computacional |
|---|---|
| Extração de DNA/RNA | métricas de QC, concentração, integridade |
| Amplicon PCR | Ct/Cq, curva de melting, contagem de gotículas, fração alélica |
| Biblioteca de sequenciamento | FASTQ, qualidade, balanço de índices |
| Corte de tecido | imagem de lâmina, máscaras de ROI, coordenadas celulares |
| Painel de citometria | arquivo FCS, matriz de compensação, estratégia de gating |
| CRISPR screen | matriz de contagens de sgRNA, scores de depleção/enriquecimento |
Antes de escolher um método
Pergunte primeiro:
- Qual estado de amostra existe: fresca, frozen, FFPE, sangue, medula, derrame, organoide ou linhagem?
- O sinal biológico é DNA, RNA, proteína, estado celular, localização tecidual ou função?
- O método precisa de células viáveis?
- A pergunta é direcionada ou exploratória?
- O contexto espacial é necessário?
- Qual métrica mínima de QC torna o resultado interpretável?
- Qual tipo de arquivo o pipeline computacional vai receber?