Introdução a célula única e transcriptômica espacial
A scRNA-seq perfila milhares de células individuais; dados espaciais preservam contexto tecidual — cruciais para heterogeneidade tumoral e infiltrado imune.
Célula única — conceitos
- Matriz de expressão (células × genes), QC, normalização
- Clustering, anotação de tipos celulares, trajetórias (pseudotempo)
- CNV inferida em células tumorais, clones
Espacial
- Visium, MERFISH, CosMx, etc. — coordenadas + expressão
- Perguntas: nichos, interação tumor-imune, gradientes
Desafios
Duplos, lotes, sparsidade, interpretação causal vs descritiva.