Microscopia, IHC, IF, FISH, RNAscope e espacial
TL;DR
Métodos em tecido respondem a pergunta que o sequenciamento frequentemente perde: onde está o sinal? IHC detecta proteínas em tecido. IF usa sinais fluorescentes de anticorpos. FISH detecta sequências de DNA/RNA em células ou tecido. RNAscope detecta transcritos de RNA in situ. Transcriptômica espacial e imagem multiplex expandem isso para mapas moleculares com coordenadas. Fontes: [1], [2], [3]
Comparação
| Método | Detecta | Uso típico |
|---|---|---|
| H&E | morfologia | diagnóstico, conteúdo tumoral, necrose |
| IHC | proteína | linhagem, PD-L1, ER/PR/HER2 |
| IF | proteína com fluorescência | colocalização, painéis multiplex |
| FISH | sequência/locus DNA ou RNA | amplificações, rearranjos |
| RNAscope | transcrito de RNA em tecido | expressão gênica com morfologia |
| Transcriptômica espacial | muitos RNAs com coordenadas | mapeamento do microambiente tumoral |
| Imagem multiplex | muitas proteínas/células no tecido | contexto imune, vizinhanças celulares |
O que faz bem
- preserva morfologia
- atribui sinais a compartimentos
- mede heterogeneidade
- identifica frentes invasivas e nichos imunes
- conecta estado celular a localização
- valida achados single-cell em tecido
O que não resolve
- descoberta genômica ampla por si só
- abundância quantitativa sem calibração
- causalidade
- viabilidade de células dissociadas
- comparabilidade perfeita entre fixação, coloração, scanners e pipelines
Saída computacional
| Ensaio | Objeto de dado |
|---|---|
| IHC/IF | imagem, máscaras de segmentação, scores de intensidade |
| FISH/RNAscope | spots por célula, colocalização, contagens por ROI |
| Transcriptômica espacial | matriz gene-spot/célula + coordenadas |
| Imagem multiplex | tabela celular com intensidades e vizinhanças |
Notas para desenvolvedores
- Imagens de lâmina inteira são grandes; preserve níveis de pirâmide e metadados do scanner.
- Erros de segmentação podem dominar a biologia downstream.
- Batch effects podem vir de fixação, coloração, lote de anticorpo, scanner e processamento de imagem.
- Coordenadas espaciais só fazem sentido com orientação do tecido e contexto de ROI.
- Transcriptômica espacial por spot pode misturar várias células; afirmações célula-a-célula exigem cautela.
- Armazene imagens brutas, máscaras, tabelas de features e versões de processamento juntos.
Referências
- Deng H. Utility of Immunohistochemistry in the Diagnosis of Pleuropulmonary and Mediastinal Cancers: A Review and Update. Arch Pathol Lab Med 2024;148:267-283. PMID 37406295. https://doi.org/10.5858/arpa.2022-0483-RA
- Wang F, Flanagan J, Su N, et al. RNAscope: a novel in situ RNA analysis platform for formalin-fixed paraffin-embedded tissues. J Mol Diagn 2012;14:22-29. PMID 22166544. https://doi.org/10.1016/j.jmoldx.2011.08.002
- Maciejewski K, Czerwinska P. Scoping Review: Methods and Applications of Spatial Transcriptomics in Tumor Research. Cancers (Basel) 2024;16:3100. PMID 39272958. https://doi.org/10.3390/cancers16173100